Sekvenser och släktträd på nätet

Här beskrivs kortfattat hur man kan hämta DNA- och proteinsekvenser på nätet, analysera dem och bygga släktträd.

1. Hämta en proteinsekvens

Använd länken nedan. I listen högt upp på sidan, välj i vänstra fönstret "Protein", skriv i det högra sökord. Klicka på "Go". Klicka på den understrukna koden vid lämplig post i listan. Sekvensen finns i slutet av den sida som då kommer.
www.ncbi.nih.gov

2. Söka efter membranankare

Klicka på länken nedan. Klistra in din aminosyresekvens i det stora fönstret på sidan och klicka på "Submit". Över 1,8 (markerat med en linje i det diagram du får) för 15-20 aminosyror i rad betyder med största sannolikhet membrangenomspännande alfahelix.
Kyte-Doolittle hydropathy plot

3. Söka konserverade domäner

Följ länken nedan. Välj i den övre blåa bården "Structure". Klicka i vänstra spalten på CDD. Klistra in din aminosyresekvens i stora fönstret och klicka på "Skicka fråga". Klicka på de boxar som du sedan får upp för mer information om olika domäner.
www.ncbi.nih.gov

4. Söka liknande sekvenser

Klicka på länken nedan och välj i den övre blåa bården BLAST. Klicka Protein-protein BLAST (blastp) respektive nucleotide-nucleotide BLAST (blastn). Klistra in den sekvens du vill undersöka. Klicka på BLAST! Klicka sedan på Format!
www.ncbi.nih.gov

5. Bygga släktträd

Samla ihop de sekvenser som ska jämföras i ett word-dokument, där (a) var sekvens namnges på en rad som börjar med > och där alla mellanslag är understrukna (b) siffror rensats bort och (c) mellanslag i början av rader samt tomma rader rensats bort. Klicka på länken, klistra in sekvenserna i det stora fönstret och klicka på "Execute multiple alignment". Scrolla till botten av sidan och välj vilket slags träd du vill ha. Klicka på "Exec".
align.genome.jp