Titta på proteiner

I stort sett alla proteiner som strukturbestämts kan man kostnadsfritt studera via internet.

1. Gå till databasen PDBsum genom att klicka här!

2. Om du inte redan vet koden för den struktur du vill studera, skriv namnet på det protein som intresserar dig i "search string". Klicka på "Search". (OBS! Om en del av namnet på ett protein slutar med -e, ska denna del av namnet följas av ett mellanslag. Men inte om det slutar på andra bokstäver)

3. Du får nu upp namn och kod till olika strukturer som på något sätt matchar det du skrev in. Klicka på den understrukna korta koden framför den post som intresserar dig.

4. Du får nu upp en sida med information om proteinet och en liten grötig bild av dess struktur.

5. Under strukturen finns en ikon som består av texten Jmol. Klicka på denna så kommer efter en stund en rurta med en bild av proteinet. Genom att gripa tag i det med musen kan man rotera och vrida strukturen. Genom att högerklicka får man en meny där man kan zooma, låta proteinet rotera av sig självt, ändra sätt att representera proteinet och eventuella ligander, ändra färgsättning, markera vätebindningar mm.

6. Under denna ikon finns ett träd där en av grenarna heter "Ligands". Genom att klicka på eventuella ligander under denna gren kan man få en bild på ligandens interaktioner med proteinet. Invid bilden finns ikonen Jmol, och genom att klicka på den kan man vrida på bilden och manipulera den på samma sätt som bilden av hela proteinet.