Hur man sekvensbestämmer korta bitar DNA

Här beskrivs hur man bestämmer ordningsföljden av DNA-bokstäver på en några hundra bokstäver lång DNA-bit.

1. Det måste finnas väldigt många exemplar av endast ena strängen av DNA-molekylen. Denna fördelas i fyra provrör.
2. I dessa provrör hälls lösa DNA-byggstenar av alla fyra sorter inmärkta med ett radioaktivt ämne.
3. Till varje provrör tillsätts också en liten mängd av en modifierad form av DNA-byggstenar som kan fogas in i en DNA-kedja men som det inte går att fästa någon ny DNA-byggsten vid. Då en sådan modifierad byggsten fogas in kan därför inte kedjan förlängas mer. I varje provrör tillsätts en liten mängd av en sådan "stopp-byggsten", så att ett provrör får stopp-A, ett annat stopp-T och så vidare.
4. DNA-kopieringsenzym hälls i varje provrör och får börja arbeta.

Låt oss nu tänka på det provrör som innehåller stopp-T: Varje gång ett T ska fogas till den växande DNA-kedjan kan antingen ett vanligt T, som det finns mycket av, fogas in vilket gör att kedjan fortsätter att växa, eller så infogas ett stopp-T, och kedjan slutar växa. I röret fanns från början ett stort antal enkelsträngade kedjor: några av dem ger upphov till ny radioaktiv kedja som slutar vid kedjans första T, några som slutar vid det andra osv.

Provröret kommer till slut att innehålla ett stort antal radioaktiva DNA-kedjor av olika längd där kedjornas längd visar hur långt in på DNA-kedjan de olika T-na befinner sig.

På samma sätt kommer längden på radioaktiva kedjor i de tre andra provrören att visa hur långt in på kedjan bokstäverna A, C och G suttit.

Om man nu särar strängarna, separerar dem efter storlek i en gel (med en metod som kallas elektrofores) och sedan låter en fotografisk plåt känna efter var på gelen de radioaktiva strängarna sitter kan man räkna ut i vilken ordning DNA-bokstäverna satt på den ursprungliga DNA-molekylen.