Pussla ihop bakteriegenom

De flesta bakterier har ett genom på några miljoner DNA-bokstäver. För dem kan detta problem lösas med ren maskin- och datorkraft. Man talar om detta som shotgun-metoden.

Man tar då ett stort antal exemplar av genomet, slår sönder det i överlappande småbitar och låter maskiner sekvensbestämma ett mycket stort antal av dessa bitar. Så många att man kan känna sig rätt säker på att ha fått med varje del av genomet på i vart fall någon sekvenserad DNA-bit.

Därefter matar man in alla sekvenserna i en dator och låter denna leta efter ställen där sekvenserna överlappar varandra och därigenom foga ihop de olika sekvenserna med varandra. På detta sätt pusslas de korta DNA-sekvenser, som lästs, ihop till den sekvens hos den långa DNA-molekyl som skulle analyseras.