Pussla ihop genom hos växter och djur

Hos djur och växter består genomen av hundratals miljoner eller flera miljarder baspar och då fungerar inte shotgunmetoden. Man måste istället dela upp genomet i många mindre delar, som var och en kan sekvensbestämmas med shotgunmetoden.

För att detta ska fungera måste man dock veta var de olika delarna man ska sekvensera ligger på de olika kromosomerna så att man kan välja delar som tillsammans täcker hela genomet.

Därför måste man börja med att konstruera en karta över genomet, med olika kända platser inprickade med maximalt en miljon baspars mellanrum.

Att konstruera sådana kartor är dock mycket mer tidsödande och arbetskrävande än att låta en rad DNA-sekvenseringsapparater arbeta. Huvuddelen av den tid det tar att sekvensbestämma arvsmassan hos ett stort genom går därför åt till att bygga genkartor.