Hitta och artbestämma bakterier

DNA-analyser används flitigt för att söka efter bakterier och virus i prover från en rad olika källor, som till exempel patienter inom sjukvården, livsmedelsindustrin och från restauranger. 

Finns bakterien här?

För att testa om en viss bakterie finns i ett prov används en metod som kallas PCR (som utförs av maskinerna på bilden). Den är mycket snabbare än de tidigare metoder där man spred ut provet på näringsplattor och såg efter vad som växte. Den är mycket känslig och kan hitta en enda bakterie i ett prov. Testerna kan användas för alla slags bakterier, inte bara det fåtal som trivs på standardiserade odlingsplattor. Ett test kan dock bara användas för att hitta för just den slags bakterie det är utformat för.

Chip som testar alla bakterier?

Forskare håller därför på att utveckla DNA-tester som snabbt kan undersöka ett prov från en patient, restaurang eller havsvik för alla kända sjukdomsalstrande bakterier och virus på en gång. De tar då DNA-sekvenser som är unika för var och en av dessa bakterier och virus, fäster dem på varsin liten fläck på en liten glasplatta och behandlar dem så att en likadan DNA-sekvens kan kleta fast vid den. När man ska använda testet renar man sedan fram DNA från sitt prov och fäster ett självlysande ämne vid detta. Sedan droppar man DNA:t på plattan, sköljer och ser efter ifall det lyser någonstans. Det ljuset visar i så fall vilken bakteries eller virus arvsanlag som fanns i provet.

Dessutom planerar man på plattan fästa gener som ger antibiotikaresistens eller på andra sätt gör bakterier ovanligt aggressiva. Så att man inte bara ser vilken sjukdomsalstrare som finns i provet, utan också får en uppfattning om vad man kan vänta sig från den.

Varifrån kommer fågelinfluensa-viruset?

Då man studerar smittspridning är forskare ofta intresserade av att förstå hur smittämnen som hittats på olika platser är släkt med varandra, till exempel influensavirus, som hittats i olika fåglar och patienter. Man utnyttjar då det faktum att det ibland uppstår fel (mutationer) då virusen kopierar sina arvsanlag. Därmed finns ofta små skillnader i arvsanlagen hos olika grupper av samma virus. Ju längre tid det var sedan två virus hade samma anfader, desto större är skillnaderna mellan dem. Forskare har därför valt ut en region av influensavirusets arvsanlag. De läser ordningsföljden av dess bokstäver och jämför dem med varandra och kan sedan bland annat avgöra varifrån smittan kommit då fåglar i ett nytt land drabbas av influensa.